Completare il tuo lavoro su "Molecular workbench"

1. Nota introduttiva

1. Stampa ciascun capitolo e rispondi alle domande che conosci o di cui trovi facilmente la risposta nei tuoi libri delle superiori.
   
2. Iscriviti al corso "Molecular Workbench" e svolgi le attività online. Questo sito ti permetterà di visualizzare le molecole nello spazio e di meglio comprendere interazioni e funzioni. Inoltre ci sono informazioni e attività che permettono di acquisire e consolidare le proprie conoscenze. Al termine di queste attività dovresti essere in grado di rispondere a tutte le domande dei capitoli del punto 1
   
3. Infine, verifica la tua preparazione attraverso il quiz
   

1.1. Molecular Workbench

1- Collegarsi a "Molecular Workbench"

• 1a finestra "è stato scelto di aprire tmp.jnlp con Java2" rispondere: OK
• 2a finestra: "impossibile verificare la firma digitale dell'applicazione, eseguire l'applicazione?": cliccare su "considera sempre attendibile" e rispondere "esegui"

2- Registrarsi

User ID: inserire il cognome seguito dal trattino basso e dalla prima lettera del nome (tutto minuscolo). Ad esempio Paolo Rossi inserisce come user ID: rossi_p email address: inserire l 'indirizzo istituzionale (studente unito). set your password: trattandosi della password per accedere a Molecular Workbench si consiglia di inserire una parola chiave diversa da quella della posta elettronica. First name = nome Last name = cognome Institution = university of Torino Teacher's ID = Guastalla_A State/Province = Torino Country = Italy La tua classe è: SB_IannoB_12_13
Perché registrarsi?	Dopo aver effettuato la registrazione, ogni volta che ti collegherai con il tuo login, avrai il tuo spazio personale dove salvare le tue attività; inoltre i tuoi report saranno accessibili al docente per la verifica del lavoro svolto.
Come utilizzare Molecular Workbench?	Dopo aver terminato la registrazione, torna sui diversi capitoli di "Cosa serve sapere". In fondo a ciascun capitolo troverai il link diretto a specifiche attività di Molecular Workbench .

2. Chimica della materia vivente

• Quali sono i sei elementi chimici principali che entrano nella composizione delle molecole biologiche? (indica per ciascuno il nome per esteso e la lettera che lo rappresenta)
  
• -
• -
• -
• -
• -
• -


• Quanti legami covalenti può realizzare ciascuno degli atomi sopra citati?

• Quale tra questi atomi è fondamentale per tutta la chimica del vivente? come si può organizzare? riesci a schematizzare tre tipologie diverse di organizzazione di questi atomi?

• Elenca le quattro principali classi di composti organici:
• -
• -
• -
• -

• Quale è il solvente biologico per eccellenza?

• Rappresenta più molecole d'acqua associate fra di loro allo stato liquido.
  

• Come si chiamano i legami chimici che hai rappresentato?

• Come si possono rompere questi legami chimici? e se li rompi cosa succede?

• Lo stesso tipo di legame si può realizzare tra molecole di acqua e altre molecole? Quali caratteristiche devono avere queste altre molecole?

• Si dice che queste molecole sono? esistono diversi sinonimi?

• In base alle tue conoscenze culinarie, quale composto organico (tra quelli sopra elencati) non è grado di interagire con l'acqua?
  

• In base alle tue conoscenze di chimica sei in grado di spiegare perché?
  

Attività Molecular Workbench: Lipids & carbohydrates, pagine 2 e 3

3. Lipidi

• Da quali elementi è costituita una molecola lipidica?
  
  
  

• Che caratteristiche hanno le molecole lipidiche?
  
  
  
  
• Cos'è un solvente apolare? e uno polare?
  
  
  
  
• Qual'è il solvente polare per eccellenza?
  
  
  
  
• Cosa significa idrofilo? idrofobico? anfipatico?
  
  
  
  
• Quale classe di molecola lipidica è anfipatica?
  
  
  
  
• Qual'è la principale funzione dei lipidi?
  
  
  

Attività Molecular Workbench: Lipidi (Lipids & carbohydrates: page 4 ---> 6)

4. Polimeri biologici

4.1. Introduzione generale

• Qual'è la relazione tra monomero e polimero?

• Quali composti organici del vivente sono tipicamente dei polimeri?

• Sai citare una o più categorie di monomeri biologici e i loro corrispondenti polimeri?

• Cosa hanno in comune e in cosa differiscono omopolimeri e eteropolimeri?

• la reazione chimica che porta alla formazione di un polimero prende il nome di polimerizzazione o condensazione; sai cosa hanno in comune tutte le reazioni di condensazione?
  

• Come si può rapppresentare il principio della polimerizzazione per disidratazione e di depolimerizzazione per idrolisi

Attività Molecular Workbench: introduzione ai polimeri (pagine 1-3)

Attività Molecular Workbench: introduzione alle proteine (pagine 4-6)

Attività Molecular Workbench: introduzione agli acidi nucleici (pagine 7-9)

4.2. Introduzione alle proteine

Amminoacidi

• Cosa hanno in comune tutti gli aminoacidi ?
  
  
  
  
• Tra quali gruppi chimici si realizza il legame covalente fra due aminoacidi ?
  
  
  
  
• Come si chiama il legame covalente fra due aminoacidi ?
  
  
  
  
• Cosa differenzia gli aminoacidi tra di loro?
  
  
  
  
• Quale nome prende la parte che differenzia gli aminoacidi tra di loro?
  
  
  
  
• Questa parte permette di classificarli in: polari, apolari e con carica. Cosa significa?
• polare
  
  
  
• apolare
  
  
  
• con carica

Attività Molecular Workbench: introduzione alle proteine (from DNA to protein: page 4)

Attività Molecular Workbench: introduzione alle proteine (four levels of protein structure: page 3 ---> 6

4.3. Introduzione agli acidi nucleici

DNA

• Quali monomeri costituiscono la molecola di DNA?
  
  
  
• Com'è organizzata la molecola di DNA?
  
  
  
• Quali sono le diverse basi azotate dei nucleotidi presenti nella molecola di DNA?
  
  
  
• Quali sono le basi complementari?
  
  
  
• Quale tipologia di legame è alla base di questa complementarietà?
  
  
  
• Questi legami sono localizzati verso l'esterno o l'interno della molecola di DNA?
  
  

Attività Molecular Workbench: introduzione agli acidi nucleici (pagine 7-9)

RNA

4.4. Introduzione ai glucidi

• Da quali elementi è costituito un carboidrato?

• Saper riconoscere alcuni monosaccaridi:

• Quale caratteristica ti permette di differenziare la molecola del glucosio da quella del ribosio?
  
  
  
  
• Quale caratteristica ti permette di differenziare la molecola del deossiribosio da quella del ribosio?
  
  
  
  
• In quale tipo di polimero si trovano queste molecole?
  
  

• Come riconosci un oligosaccaride da un polisaccaride?
  
  
  
  
• I polisaccaridi possono avere molecola lineare o ramificata: questa differenza strutturale si riflette sulla funzione della molecola?
  
  
  
  
  

Attività Molecular Workbench: Carboidrati (Lipids & carbohydrates: page 7 ---> 11)

5. Dal DNA alle proteine

5.1. Trascrizione: dal DNA all'RNA

• Cosa significa il termine "trascrizione"?
  

• Nella cellula eucariota, dove avviene la trascrizione?
  
  
  
  
• Qual'è la molecola stampo e quale la molecola prodotta in seguito alla trascrizione (= prodotto della trascrizione)?
  
  

• I prodotti della trascrizione si possono suddividere in 3 tipologie, quali?

Molecular Workbench: trascrizione (proteins & nucleic acids, pagina 10)

Molecular workbench: trascrizione (DNA to protein, pagina 4)

5.2. Traduzione: dal RNA alle proteine

• Cosa significa il termine "traduzione"?
  
  
  
• Qual'è la molecola stampo e qual'è la molecola prodotta in seguito alla traduzione?
  
  

• Nella cellula eucariota, dove avviene la traduzione?
  

Attività Molecular Workbench: Traduzione (Dal DNA alle proteine, pagina 5)

5.3. Strutture delle proteine

• struttura primaria:

• struttura secondaria:

• struttura terziaria:

• struttura quaternaria:

Attività Molecular Workbench: four levels of protein structure page 7---->13

5.4. Saperne di più.....

Molecular workbench: Protein folding

6. Report di attività

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