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Procedi con le attività su Molecular Workbench

Propedeuticità: Molecular Workbench

Site: E-Learning dell'area Biologica
Course: Laurea: Biologia della Cellula e dei Tessuti (corso A) - modulo cellula
Book: Procedi con le attività su Molecular Workbench
Printed by: Guest user
Date: Thursday, 13 August 2020, 4:33 PM

1 Nota introduttiva

Il corso di Biologia della Cellula e dei Tessuti è il primo insegnamento di tipo biologico del corso di Laurea in Scienze Biologiche. Per seguire al meglio e da subito lezioni e attività del modulo di biologia della cellula sono necessarie alcune conoscenze iniziali che ti conviene ripassare o acquisire. Per questo motivo ti consiglio fortemente di consultare l'attività "cosa serve sapere" che elenca un insieme di domande alle quali serve saper già rispondere. Se trovi delle difficoltà consulta i tuoi libri di testo delle superiori. Scrivi delle risposte concise e semplici.
Segui le istruzioni per accedere al software "Molecular Workbench", che ti presenterà queste nozioni in modo molto interattivo. Questo sito, come gran parte del materiale didattico che si utilizza in ambito scientifico a livello universitario è in lingua inglese. All'inizio ti sembrerà forse un pò difficile ma non preoccuparti è solo un problema di abitudine. Fai più attività che puoi e compila i report.


Questa risorsa comprende diversi capitoli, ciascuno dei quali guida la costruzione delle tue conoscenze attraverso un elenco di domande. Nella maggiore parte dei casi la risposta richiede una singola parola o al massimo una frase. Sei anche incoraggiato a schematizzare con un disegno la tua risposta.

Le attività si sviluppano in tre tempi:
  1. Stampa ciascun capitolo e rispondi alle domande che conosci o di cui trovi facilmente la risposta nei tuoi libri delle superiori.
  2. Iscriviti al corso "Molecular Workbench" e svolgi le attività online. Questo sito ti permetterà di visualizzare le molecole nello spazio e di meglio comprendere interazioni e funzioni. Inoltre ci sono informazioni e attività che permettono di acquisire e consolidare le proprie conoscenze. Al termine di queste attività dovresti essere in grado di rispondere a tutte le domande dei capitoli del punto 1
  3. Infine, verifica la tua preparazione attraverso il quiz

1.1 Molecular Workbench

Prima di collegarti leggi le istruzioni!!!!

1- Come collegarsi a Molecular Workbench:

Molecular Workbench chiederà l'autorizzazione a scaricare dei file sul computer:
  • 1a finestra "è stato scelto di aprire tmp.jnlp con Java2" rispondere: OK
  • 2a finestra: "impossibile verificare la firma digitale dell'applicazione, eseguire l'applicazione?": cliccare su "considera sempre attendibile" e rispondere "esegui"

  • filmato

Molecular Workbench si aprirà in una specifica finestra.

In caso di problema è anche possibile collegarsi alla home page del sito oppure chiedere aiuto con un messaggio nel forum

2- Registrarsi

  • User ID: inserire il cognome seguito dal trattino basso e dalla prima lettera del nome (tutto minuscolo). Ad esempio Paolo Rossi inserisce come user ID: rossi_p
  • email address: inserire l 'indirizzo istituzionale (studente unito).
  • set your password: trattandosi della password per accedere a Molecular Workbench si consiglia di inserire una parola chiave diversa da quella della posta elettronica.
  • First name = nome
  • Last name = cognome
  • Institution = university of Torino
  • ---> chi segue il modulo di riallineamento
  • Teacher's ID =
    Luzzati_f
  • ---> chi non segue il modulo di riallineamento:
  • Teacher's ID = Perroteau
  • State/Province = Torino
  • Country = Italy

  • La tua classe è: SB-1° anno

registrazione molecular workbench

  • Perché registrarsi?

Dopo aver effettuato la registrazione, ogni volta che ti collegherai con il tuo login, avrai il tuo spazio personale dove salvare le tue attività; inoltre i tuoi report saranno accessibili al docente per la verifica del lavoro svolto.


  • Come utilizzare Molecular Workbench?

Dopo aver terminato la registrazione, torna sui diversi capitoli di questo "libro". In fondo a ciascun capitolo troverai il link diretto a specifiche attività di Molecular Workbench. Ricordati di salvare le tue attività su Molecular Workbench. Verifica ogni volta che sia stato generato correttamente il tuo report.
  • filmato



2 Chimica della materia vivente

Elementi chimici principali
  • Quali sono i sei elementi chimici principali che entrano nella composizione delle molecole biologiche? (indica per ciascuno il nome per esteso e la lettera che lo rappresenta)
    • -
    • -
    • -
    • -
    • -
    • -

  • Quanti legami covalenti può realizzare ciascuno degli atomi sopra citati?



  • Quale tra questi atomi è fondamentale per tutta la chimica del vivente? come si può organizzare? riesci a schematizzare tre tipologie diverse di organizzazione di questi atomi?



  • Elenca le quattro principali classi di composti organici:
    • -
    • -
    • -
    • -
  • Quale è il solvente biologico per eccellenza?

  • Rappresenta più molecole d'acqua associate fra di loro allo stato liquido.

  • Come si chiamano i legami chimici che hai rappresentato?

  • Come si possono rompere questi legami chimici? e se li rompi cosa succede?

  • Lo stesso tipo di legame si può realizzare tra molecole di acqua e altre molecole? Quali caratteristiche devono avere queste altre molecole?

    • Si dice che queste molecole sono? esistono diversi sinonimi?

  • In base alle tue conoscenze culinarie, quale composto organico (tra quelli sopra elencati) non è grado di interagire con l'acqua?

    • In base alle tue conoscenze di chimica sei in grado di spiegare perché?


Attività Molecular Workbench: Lipids & carbohydrates, pagine 2 e 3

le altre pagine sono inerenti ad altri capitoli

3 Lipidi

  • Da quali elementi è costituita una molecola lipidica?


  • Che caratteristiche hanno le molecole lipidiche?



  • Cos'è un solvente apolare? e uno polare?



  • Qual'è il solvente polare per eccellenza?



  • Cosa significa idrofilo? idrofobico? anfipatico?



  • Quale classe di molecola lipidica è anfipatica?



  • Qual'è la principale funzione dei lipidi?


Attività Molecular Workbench: Lipidi (Lipids & carbohydrates: page 4 ---> 6)



4 Polimeri biologici

4.1 Introduzione generale

  • Qual'è la relazione tra monomero e polimero?


  • Quali composti organici del vivente sono tipicamente dei polimeri?


  • Sai citare una o più categorie di monomeri biologici e i loro corrispondenti polimeri?


  • Cosa hanno in comune e in cosa differiscono omopolimeri e eteropolimeri?


  • la reazione chimica che porta alla formazione di un polimero prende il nome di polimerizzazione o condensazione; sai cosa hanno in comune tutte le reazioni di condensazione?

  • Come si può rapppresentare il principio della polimerizzazione per disidratazione e di depolimerizzazione per idrolisi

Attività Molecular Workbench: introduzione ai polimeri (pagine 1-3)

Attività Molecular Workbench: introduzione alle proteine (pagine 4-6)

Attività Molecular Workbench: introduzione agli acidi nucleici (pagine 7-9)



4.2 Introduzione alle proteine

Amminoacidi

  • Cosa hanno in comune tutti gli aminoacidi ?



  • Tra quali gruppi chimici si realizza il legame covalente fra due aminoacidi ?



  • Come si chiama il legame covalente fra due aminoacidi ?



  • Cosa differenzia gli aminoacidi tra di loro?



  • Quale nome prende la parte che differenzia gli aminoacidi tra di loro?



  • Questa parte permette di classificarli in: polari, apolari e con carica. Cosa significa?
    • polare


    • apolare


    • con carica

Attività Molecular Workbench: introduzione alle proteine (from DNA to protein: page 4)


Attività Molecular Workbench: introduzione alle proteine (four levels of protein structure: page 3 ---> 6

4.3 Introduzione ai glucidi

  • Da quali elementi è costituito un carboidrato?


  • Saper riconoscere alcuni monosaccaridi:
    - -
    -





    • Quale caratteristica ti permette di differenziare la molecola del glucosio da quella del ribosio?



    • Quale caratteristica ti permette di differenziare la molecola del deossiribosio da quella del ribosio?



    • In quale tipo di polimero si trovano queste molecole?


  • Come riconosci un oligosaccaride da un polisaccaride?



  • I polisaccaridi possono avere molecola lineare o ramificata: questa differenza strutturale si riflette sulla funzione della molecola?


Attività Molecular Workbench: Carboidrati (Lipids & carbohydrates: page 7 ---> 11)



5 Dal DNA alle proteine

5.1 Trascrizione: dal DNA all'RNA

  • Cosa significa il termine "trascrizione"?

  • Nella cellula eucariota, dove avviene la trascrizione?



  • Qual'è la molecola stampo e quale la molecola prodotta in seguito alla trascrizione (= prodotto della trascrizione)?

  • I prodotti della trascrizione si possono suddividere in 3 tipologie, quali?

Molecular Workbench: trascrizione (proteins & nucleic acids, pagina 10)

Molecular workbench: trascrizione (DNA to protein, pagina 4)



5.2 Traduzione: dal RNA alle proteine

  • Cosa significa il termine "traduzione"?


  • Qual'è la molecola stampo e qual'è la molecola prodotta in seguito alla traduzione?

  • Nella cellula eucariota, dove avviene la traduzione?


Attività Molecular Workbench: Traduzione (Dal DNA alle proteine, pagina 5)

5.3 Strutture delle proteine

Cosa si intende per struttura primaria, secondaria, terziaria e quaternaria?
  • struttura primaria:

  • struttura secondaria:

  • struttura terziaria:

  • struttura quaternaria:


Esiste una relazione tra la struttura primaria ed i livelli successivi di organizzazione?



Esiste una relazione tra la struttura di una proteina e la sua attività ?


Attività Molecular Workbench: four levels of protein structure page 7---->13




Struttura secondaria alfa-elica
Struttura secondaria foglietto-beta


Struttura tertiaria:
ripiegamento intra-catena
Struttura quaternaria:
associazione di più catene


organizzazione progressiva della
struttura più stabile


5.4 Saperne di più.....

Questa attività è opzionale ma applica le nozioni appena viste allo studio delle cause dell'anemia falciforme.


Molecular workbench: Protein folding







6 Report di attività

Dopo aver svolto le singole attività, compila tutte le pagine di ciascuna attività e consegna il report per consentire la valutazione da parte del docente.

Ricordati di essere registrato al mio corso su Molecular Workbench

Trovi informazioni in merito nella nota introduttiva.

Completa le attività elencate sulla tua pagina personale su Molecular Workbench


Gran parte delle attività sono già state affrontate durante lo studio dei diversi capitoli. Completa più che puoi tutte le pagine e chiudi il report di ciascuna attività.


Prossimo appuntamento a lezione.
Cordiali saluti
I. Perroteau