Procedi con le attività su Molecular Workbench

1. Nota introduttiva

1. Stampa ciascun capitolo e rispondi alle domande che conosci o di cui trovi facilmente la risposta nei tuoi libri delle superiori.
   
2. Iscriviti al corso "Molecular Workbench" e svolgi le attività online. Questo sito ti permetterà di visualizzare le molecole nello spazio e di meglio comprendere interazioni e funzioni. Inoltre ci sono informazioni e attività che permettono di acquisire e consolidare le proprie conoscenze. Al termine di queste attività dovresti essere in grado di rispondere a tutte le domande dei capitoli del punto 1
   
3. Infine, verifica la tua preparazione attraverso il quiz
   

1.1. Molecular Workbench

• Link a "Molecular Workbench"

Prima di collegarti leggi le istruzioni!!!!

1- Come collegarsi a Molecular Workbench:

• 1a finestra "è stato scelto di aprire tmp.jnlp con Java2" rispondere: OK

• 2a finestra: "impossibile verificare la firma digitale dell'applicazione, eseguire l'applicazione?": cliccare su "considera sempre attendibile" e rispondere "esegui"

• 

2- Registrarsi

User ID: inserire il cognome seguito dal trattino basso e dalla prima lettera del nome (tutto minuscolo). Ad esempio Paolo Rossi inserisce come user ID: rossi_p email address: inserire l 'indirizzo istituzionale (studente unito). set your password: trattandosi della password per accedere a Molecular Workbench si consiglia di inserire una parola chiave diversa da quella della posta elettronica. First name = nome Last name = cognome Institution = university of Torino ---> chi segue il modulo di riallineamento Teacher's ID = Luzzati_f ---> chi non segue il modulo di riallineamento: Teacher's ID = Perroteau State/Province = Torino Country = Italy La tua classe è: SB-1° anno
Perché registrarsi?	Dopo aver effettuato la registrazione, ogni volta che ti collegherai con il tuo login, avrai il tuo spazio personale dove salvare le tue attività; inoltre i tuoi report saranno accessibili al docente per la verifica del lavoro svolto.
Come utilizzare Molecular Workbench?	Dopo aver terminato la registrazione, torna sui diversi capitoli di questo "libro". In fondo a ciascun capitolo troverai il link diretto a specifiche attività di Molecular Workbench. Ricordati di salvare le tue attività su Molecular Workbench. Verifica ogni volta che sia stato generato correttamente il tuo report.

2. Chimica della materia vivente

• Quali sono i sei elementi chimici principali che entrano nella composizione delle molecole biologiche? (indica per ciascuno il nome per esteso e la lettera che lo rappresenta)
  
• -
• -
• -
• -
• -
• -


• Quanti legami covalenti può realizzare ciascuno degli atomi sopra citati?

• Quale tra questi atomi è fondamentale per tutta la chimica del vivente? come si può organizzare? riesci a schematizzare tre tipologie diverse di organizzazione di questi atomi?

• Elenca le quattro principali classi di composti organici:
• -
• -
• -
• -

• Quale è il solvente biologico per eccellenza?

• Rappresenta più molecole d'acqua associate fra di loro allo stato liquido.
  

• Come si chiamano i legami chimici che hai rappresentato?

• Come si possono rompere questi legami chimici? e se li rompi cosa succede?

• Lo stesso tipo di legame si può realizzare tra molecole di acqua e altre molecole? Quali caratteristiche devono avere queste altre molecole?

• Si dice che queste molecole sono? esistono diversi sinonimi?

• In base alle tue conoscenze culinarie, quale composto organico (tra quelli sopra elencati) non è grado di interagire con l'acqua?
  

• In base alle tue conoscenze di chimica sei in grado di spiegare perché?
  

Attività Molecular Workbench: Lipids & carbohydrates, pagine 2 e 3

3. Lipidi

• Da quali elementi è costituita una molecola lipidica?
  
  
  

• Che caratteristiche hanno le molecole lipidiche?
  
  
  
  
• Cos'è un solvente apolare? e uno polare?
  
  
  
  
• Qual'è il solvente polare per eccellenza?
  
  
  
  
• Cosa significa idrofilo? idrofobico? anfipatico?
  
  
  
  
• Quale classe di molecola lipidica è anfipatica?
  
  
  
  
• Qual'è la principale funzione dei lipidi?
  
  
  

Attività Molecular Workbench: Lipidi (Lipids & carbohydrates: page 4 ---> 6)

4. Polimeri biologici

4.1. Introduzione generale

• Qual'è la relazione tra monomero e polimero?

• Quali composti organici del vivente sono tipicamente dei polimeri?

• Sai citare una o più categorie di monomeri biologici e i loro corrispondenti polimeri?

• Cosa hanno in comune e in cosa differiscono omopolimeri e eteropolimeri?

• la reazione chimica che porta alla formazione di un polimero prende il nome di polimerizzazione o condensazione; sai cosa hanno in comune tutte le reazioni di condensazione?
  

• Come si può rapppresentare il principio della polimerizzazione per disidratazione e di depolimerizzazione per idrolisi

Attività Molecular Workbench: introduzione ai polimeri (pagine 1-3)

Attività Molecular Workbench: introduzione alle proteine (pagine 4-6)

Attività Molecular Workbench: introduzione agli acidi nucleici (pagine 7-9)

4.2. Introduzione alle proteine

Amminoacidi

• Cosa hanno in comune tutti gli aminoacidi ?
  
  
  
  
• Tra quali gruppi chimici si realizza il legame covalente fra due aminoacidi ?
  
  
  
  
• Come si chiama il legame covalente fra due aminoacidi ?
  
  
  
  
• Cosa differenzia gli aminoacidi tra di loro?
  
  
  
  
• Quale nome prende la parte che differenzia gli aminoacidi tra di loro?
  
  
  
  
• Questa parte permette di classificarli in: polari, apolari e con carica. Cosa significa?
• polare
  
  
  
• apolare
  
  
  
• con carica

Attività Molecular Workbench: introduzione alle proteine (from DNA to protein: page 4)

Attività Molecular Workbench: introduzione alle proteine (four levels of protein structure: page 3 ---> 6

4.3. Introduzione ai glucidi

• Da quali elementi è costituito un carboidrato?

• Saper riconoscere alcuni monosaccaridi:

• Quale caratteristica ti permette di differenziare la molecola del glucosio da quella del ribosio?
  
  
  
  
• Quale caratteristica ti permette di differenziare la molecola del deossiribosio da quella del ribosio?
  
  
  
  
• In quale tipo di polimero si trovano queste molecole?
  
  

• Come riconosci un oligosaccaride da un polisaccaride?
  
  
  
  
• I polisaccaridi possono avere molecola lineare o ramificata: questa differenza strutturale si riflette sulla funzione della molecola?
  
  
  

Attività Molecular Workbench: Carboidrati (Lipids & carbohydrates: page 7 ---> 11)

5. Dal DNA alle proteine

5.1. Trascrizione: dal DNA all'RNA

• Cosa significa il termine "trascrizione"?
  

• Nella cellula eucariota, dove avviene la trascrizione?
  
  
  
  
• Qual'è la molecola stampo e quale la molecola prodotta in seguito alla trascrizione (= prodotto della trascrizione)?
  
  

• I prodotti della trascrizione si possono suddividere in 3 tipologie, quali?

Molecular Workbench: trascrizione (proteins & nucleic acids, pagina 10)

Molecular workbench: trascrizione (DNA to protein, pagina 4)

5.2. Traduzione: dal RNA alle proteine

• Cosa significa il termine "traduzione"?
  
  
  
• Qual'è la molecola stampo e qual'è la molecola prodotta in seguito alla traduzione?
  
  

• Nella cellula eucariota, dove avviene la traduzione?
  

Attività Molecular Workbench: Traduzione (Dal DNA alle proteine, pagina 5)

5.3. Strutture delle proteine

• struttura primaria:

• struttura secondaria:

• struttura terziaria:

• struttura quaternaria:

Attività Molecular Workbench: four levels of protein structure page 7---->13

5.4. Saperne di più.....

Molecular workbench: Protein folding

6. Report di attività

Ricordati di essere registrato al mio corso su Molecular Workbench

Completa le attività elencate sulla tua pagina personale su Molecular Workbench