Student's talk - Molecular Biology - Final Schedule

Per favore PRIMA di editare, leggete le informazioni "Subjects for Student talks",
NOTA: Per inserire i vostri dati in Tabella: per favore seguite le istruzioni!

Iscrivetevi in ciascuno slot temporale, a gruppi di 2 studenti, con un max di 4 gruppi per giorno (5 solo proprio in casi "disperati").
Nella casella di destra indicate il titolo del lavoro scelto e se possibile il link.
Vi consiglio di prenotare lo slot temporale "prima" di avere scelto il lavoro: nello stesso tempo, mettete il lavoro appena lo avete scelto, per evitare che altri scelgano lo stesso.
Gli argomenti principali:
1) microarrays di espressione e RNA Seq - qualsiasi situazione sperimentale, purchè il lavoro descriva con dovuta ampiezza il tipo di analisi, i risultati e, soprattutto, la funzione dei risultati ovvero l'interpretazione ed applicazione.
2) modificazioni epigenetiche, eucromatina ed eterocromatina, studi genome-wide sulla localizzazione di geni, promotori, sequenze silenti o trascritte, isolatori, elementi funzionali di vario tipo.
3) Studi genome-wide sullo splicing alternativo e sulla sua regolazione in qualsiasi modello sperimentale.
4) noncoding RNA: studi di enumerazione e di funzione collettiva. MicroRNA, siRNA, piRNA, long-noncoding RNA.
5) Regolazione trascizionale: fattori di trascrizione, coattivatori, corepressori, studi genome-wide di funzione, ChIP-chip e ChIp-Seq.
6) Regolazione post-trascrizionale: regolazione stabilità mRNA, localizzazione mRNA, proteine leganti RNA sempre con profilo genome-wide.
Si raccomandano Riviste primarie e ultimi due anni (2009 e 2010).
Nature
Nature Cell Biology
Nature Genetics
Science
Cell
Molecular Cell
Genes & Development
PLOS Biology (NO: PLOS One)
PNAS (proc Natl Acad Sci US)
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Student's talk - Biology

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Modified: 2 January 2011, 3:03 PM   User: Bellomo Sara Erika  → 

Date
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title
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Sta tus
Wed. Dec 15, 4pm
Gho - Bovio
Modulation of miRna processing by p53
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OK

Mana - Morano
Reversible Block of Mouse Neural Stem Cell Differentiation in the Absence of Dicer and MicroRNAs
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OK

Martina - Gigliotti

The honey bee epigenomes: differential methylation of brain DNA in queens and workers


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OK

Joffrain - Biolatti
The human cytomegalovirus microRNA miR-UL112 acts synergistically with a cellular microRNA to escape immune elimination LINK to paper


OK







Fri. Dec 17, 11am
Nigro - Marzanati
A Methyl tranferase links the circadian clock to the regulation of alternative splicing LINK to paper

OK

Ferrero-Ruvolo
 
     
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OK

Bonetto-Magi

A Pilot Study of Circulating miRNAs as Potential Biomarkers of Early Stage Breast Cancer
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OK
Mon. Dec 20, 11am
disponibile
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Ceolato-Galliani
Epigenetic memory in induced pluripotent stem cells
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OK


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Gullà-Arizzi
Characterization of RNA content of chromatin
paper


OK
Mon. Jan 10, 11am
Collino-Minuzzo
Dicer1 as a haploinsufficient tumor suppressor

A dicer-independent miRNA biogenesis pathway that requires Ago catalysis

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OK

Plicato-Testore
A genome-wide RNAi screen reveals determinants of human embryonic stem cell identity LINK to paper

OK

Alessandria-Orlandi
Discovering hematopoietic mechanisms through Genome-wide analysis of GATA factor chromatin occupancy http://www.cell.com/molecular-cell/retrieve/pii/S1097276509008144


OK



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Tuesday Jan 11 (9am)
Biotecnologi
Bernardini - Sarasso
Real-time DNA sequencing from single polymerase molecules LINK to paper

OK

biotecnologi

Cerutti-Gandini

TRIM24 links a non-canonical histone signature to breast cancer
http://www.nature.com/nature/journal/v468/n7326/pdf/nature09542.pdf

OK

Enrico - Vaccari






Cerri
Paternally induced transgenerational environmental reprogramming of metabolic gene expression in mammals http://www.cell.com/abstract/S0092-8674(10)01426-1




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Wed. Jan 12, 4 pm
Riganò-Bellomo

1) Expression of CD44 3' UTR regulates endogenous miRNA functions in tumorigenesis and angiogenesis

o 2) Long non-coding RNAs with enhancer-like function

http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2010/12/09/nar.gkq1003.long

http://www.cell.com/retrieve/pii/S0092867410010111





De Rosa -Castagno A peptide from autoantigen La blocks poliovirus and hepatitis C virus cap-independent translocation and reveals a single tyrosine critical for La RNA binding and translation stimulation.
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(Gruppo1):Campolo-Baravalle
(Gruppo2):Cati-Ambrogio
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Thursday Jan 13 (2 PM)
Biotecnologi
De Rose-Lunardelli
Reciprocal intronic and exonic histone modification regions in humans LINK to paper



De Angelis-Villarroel RNA sequencing shows no dosage compensation of the active x-chromosome LINK to paper



Tatullo Vergnano

Regulation of alternative splicing by histone modification
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Giacone - Tafur
Heterochromatin silencing of p53 target genes by a small viral protein
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Mon. Jan 17, 11am
Torta-Carrara
Genetic regulation of immune response mediated by Bcl-6 and NF-kB
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Bocchero-Andrione-Falcomatà
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Brossa-Girardi
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Astesana-Cavalera
Methyl-binding protein mediates gene silencing and promotes tumour cell motility and invasion
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Wed. Jan 19, 4pm Piretta-Moiso Scrivete qui un titolo riassuntivo (no copia e incolla:altererà la tabella) Per inserire il link a fianco: selezionate la scritta "LINK to paper" nella casella a destra, quindi cliccate il simbolo del link nel banner in alto (la catena accanto all'ancora), appare una finestrella in cui incollate l'URL, quindi inventate un breve titolo e chiudete.
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Antonazzo A novel pathway regulates memory and plasticity via SIRT-1 and miR-134
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Pozzi-Scalzitti
An alternative splicing network links cell-cycle control to apoptosis.
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OK

Vitiello - Agnesod

AdvHelv_B">AdvHelv_B" size="2">mRNA turnover rate limits siRNA and microRNA efficacy;

Short RNAs are transcribed from repressed Polycomb Target Genes and interact with Polycomb Repressive Complex-2;AdvHelv_B">AdvHelv_B">

http://www.nature.com/msb/journal/v6/n1/pdf/msb201089.pdf

http://download.cell.com/molecular-cell/pdf/PIIS1097276510003278.pdf




Scandurra - Monteleone

Ann - Mammalian microRNAs predominantly act to decrease target mRNA levels. Huili Guo1/font>/font>,2, Nicholas T. Ingolia3,4, Jonathan S. Weissman3,4 & David P. Bartel1,2
/font>Vol 466| 12 August 2010| doi:10.1038/nature09267http://www.nature.com/nature/journal/v466/n7308/full/nature09267.html
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/font>/font>/font>